ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ..ΕΠΑΝΑΣΤΑΣΗ

 

Ο καθηγητής Παναγιώτης Βλάμος, 

ειδήμων της Βιοπληροφορικής, 

καλύπτει αριστοτεχνικά κάτω από το 

γαλήνιο παρουσιαστικό του μια 

ακαδημαϊκή ζωή υψηλής έντασης. 

Συνεχής παραγωγή καινοτομιών στο 

εργαστήριο βιοπληροφορικής και 

ανθρώπινης ηλεκτροφυσιολογίας 

BiHELab του τμήματος 

Πληροφορικής του Ιονίου 

Πανεπιστημίου, που διευθύνει, 

οργάνωση συνεδρίων και διαλέξεων 

για τα άλματα που πετυχαίνουν οι 

ομάδες του, συστηματικά ταξίδια στο 

εξωτερικό για τη σύναψη 

συνεργασιών.

Ξετυλίγει με απλότητα τα θαυμαστά 

βάθη των 10 πρωτοποριακών 

ψηφιακών βιοτραπεζών τεχνητής 

νοημοσύνης για 10 ασθένειες, που 

δημιούργησε το εργαστήριό του. 

Οι βιοτράπεζες αυτές 

συγκεντρώνουν 

και επεξεργάζονται εκατομμύρια 

απεικονιστικά, μοριακά, κλινικά κ.ά. 

δεδομένα για 

τη νόσο του 

Huntington, 

την αμυοτροφική πλευρική 

 σκλήρυνση (ALS), 

τη σκλήρυνση κατά πλάκας, 

τον αυτισμό, 

το μετατραυματικό στρες, 

μολυσματικές ασθένειες (COVID-19), 

τους καρκίνους πνεύμονα, δέρματος, 

παγκρέατος και παχέος εντέρου 

και αναμένεται να επιταχύνουν 

εντυπωσιακά την κατανόηση των 

σοβαρών αυτών ασθενειών. 

Με εργαλεία τεχνητής νοημοσύνης

 που αναπτύξαμε στο εργαστήριο 

εξάγουμε την κρυμμένη γνώση μέσα 

από εκτεταμένα σύνολα δεδομένων. 

Τα εργαλεία αυτά επιτρέπουν 

πολύπλοκες αναλύσεις και μετα-

αναλύσεις αποτελεσμάτων από 

ασύνδετες μελέτες, συγκριτικές 

αξιολογήσεις των μηχανισμών των 

ασθενειών και των θεραπειών και 

την ανακάλυψη νέων βιοδεικτών. 

Παράγουν μεταδεδομένα, που δίνουν 

εξαιρετικά σύνθετες απαντήσεις, οι 

οποίες βοηθούν στην κατανομή των 

ασθενών σε διαφορετικά προφίλ και 

άρα σε εξατομικευμένες θεραπείες, 

δηλαδή στην ιατρική ακριβείας.

Είναι αυτή η νέα γενιά βιοτραπεζών 

κάτι που δημιουργείται για πρώτη 

φορά;

Και ανοίγει τον δρόμο στον 

επανασχεδιασμό σκευασμάτων, ώστε 

να μπορούν να θεραπεύσουν, όχι 

μόνον την ασθένεια για την οποία 

παρασκευάστηκαν, αλλά και άλλες 

το περίφημο 

drug repurposing. 

Καθώς οι βιοτράπεζες μιλούν 

μεταξύ τους, μπορούμε να 

εντοπίσουμε, π.χ., φάρμακο για τον 

καρκίνο που επηρεάζει και 

βιοδείκτες στο ALS. 

Στόχος σήμερα δεν είναι η

 ανακάλυψη συνεχώς νέων 

φαρμάκων, αλλά ο επανασχεδιασμός 

όσων υπάρχουν για περισσότερες 

ασθένειες. 

Απίστευτης ποιότητας 

φάρμακα, ένας πραγματικός 

θησαυρός, μένουν αναξιοποίητα, 

περιθωριοποιημένα. 

Η ψηφιακή δοκιμή φαρμάκων ή

συνδυασμού φαρμάκων, όχι

κατευθείαν στον άνθρωπο, πρώτα 

in silico, χωρίς τοξικότητα,

παρακάμπτει πολλούς κινδύνους.

Μιλάμε για παρασκευή ψηφιακών 

φαρμάκων;

 

 Στόχος σήμερα δεν είναι η ανακάλυψη συνεχώς νέων φαρμάκων, αλλά ο επανασχεδιασμός όσων υπάρχουν για περισσότερες ασθένειες.

Τα ψηφιακά φάρμακα είναι ήδη 

πραγματικότητα. 

Είδαμε πρόσφατα να παρασκευάζεται 

για πρώτη φορά φάρμακο από 

τεχνητή νοημοσύνη και να 

προωθείται για κλινικές δοκιμές σε 

ανθρώπους. 

Πρόκειται για το INS018 055, 

φάρμακο για την αντιμετώπιση της 

ιδιοπαθούς πνευμονικής ίνωσης. 

Βέβαια η τεχνητή νοημοσύνη δεν 

φθάνει ποτέ στην παρασκευή του 

τελικού προϊόντος, αλλά εκείνου που 

θα δοκιμαστεί πρώτα με ασφάλεια 

κλινικά. 

Δεν θα έχεις έναν αλγόριθμο     

να αποφασίζει τι φάρμακο 

θα πάρει ο ασθενής, αλλά ένα 

σύστημα που έχει επεξεργαστεί έναν 

τεράστιο όγκο δεδομένων και μπορεί 

να υποστηρίξει την απόφαση που θα 

πάρει ο ειδικός. 

Η σχέση γιατρού – ασθενούς  δεν θα 

σπάσει ποτέ. 

Ο γιατρός δεν θα αντικατασταθεί 

από τους αλγορίθμους.

Η έρευνα δεν σταματάει ποτέ. 

Πέρα από την αλγοριθμική

επεξεργασία βιοϊατρικών δεδομένων

τρέχουμε και συστημική βιολογία

δηλαδή δουλεύουμε πάνω σε

πρωτεΐνες, αναλύουμε ιστούς 

και άλλα βιολογικά υλικά. 

Σε ένα κρίσιμο στάδιο ενός 

πειράματος μπορεί κάποιος να 

δουλεύει 72 ώρες ασταμάτητα μέχρι 

να αντικατασταθεί από άλλον 

ερευνητή. 

Θα πρέπει να σε ευχαριστεί πολύ

 αυτό που κάνεις για 

να αντέξεις τον ατελείωτο μόχθο, 

τις συνθήκες συνεχούς έντασης, 

τις πολλές αποτυχίες μέχρι την 

επιτυχία. 

Στο εργαστήριο στην Κέρκυρα αυτή 

τη στιγμή δουλεύουν διά ζώσης ή και 

εξ αποστάσεως πάνω από 70 άτομα, 

επτά μέλη ΔΕΠ με τις ομάδες τους, 

μεταδιδάκτορες, υποψήφιοι 

διδάκτορες κ.ά. 

Επτά διαφορετικές ροές έρευνας

είναι σε συνεχή συνεργασία και

 συντονισμό.

Οι τρεις βασικοί ερευνητικοί μας 

πυλώνες είναι οι ψηφιακές βιο 

τράπεζες τεχνητής νοημοσύνης, 

ο επανασχεδιασμός φαρμάκων και 

η λανθασμένη αναδίπλωση 

πρωτεϊνών. 

Με πόρους που εξασφαλίσαμε από 

ανταγωνιστικά ερευνητικά 

προγράμματα, αποκτήσαμε ένα 

εξαιρετικά προηγμένο εξοπλισμό και 

με μεθοδολογία που αναπτύξαμε 

ελέγχουμε αν η αναδίπλωση μιας 

πρωτεΐνης είναι ομαλή. 

Ο εντοπισμός λανθασμένης 

αναδίπλωσης σχετίζεται με την 

εμφάνιση κάποιας νόσου. 

Ενας νέος τέταρτος ερευνητικός μας 

άξονας είναι ο εντοπισμός, στο 

εργαστήριο, της πιθανότητας 

επανεμφάνισης καρκίνου που έχει 

ήδη αντιμετωπιστεί.

Τα εντυπωσιακά εργαλεία τεχνητής νοημοσύνης βασίζονται πάνω σε ό,τι ήδη υπάρχει. Δεν δημιουργούν νέα γνώση, τη λύση ενός μέχρι τώρα άλυτου προβλήματος που ζητάμε από έναν υποψήφιο διδάκτορα. 

Οσο πιο παθητικός γίνεται ο άνθρωπος στη σκέψη και τις ενέργειές του τόσο πιο χαμένος είναι. 

Τα εργαλεία αυτά είναι επαναστατικά γιατί εκτινάσσουν την πρωτότυπη ανθρώπινη σκέψη, επιταχύνουν την υλοποίηση των επινοήσεων του ανθρώπου. 

Ενας υπερυπολογιστής με 3 εκατ. πυρήνες φέρνει άμεσα αποτελέσματα, για τα οποία ένας ερευνητής θα χρειαζόταν 10 ζωές.